Saç ekimi lokal anestezi ile sadece işlem yapılacak olan alıcı ve donör alanlar uyuşturularak gerçekleştirilir. Diğer pek çok cerrahi işlemden çok daha az ağrılı bir operasyondur.
Sadece enjeksiyon sırasında iğne ile anestezinin enjekte edilmesi sırasında acı hissedilir.
Operasyondan sonra oluşabilecek ağrıların giderilmesi için ağrı kesici ilaç kullanılabilmektedir. İlk birkaç saat içinde bir miktar yanma şeklinde ağrı hissedilebilir. Sonradan oluşabilecek ağrılar uygulanan tekniğe göre farklılık gösterebilir. FUT tekniği, dikişler nedeniyle diğer tekniklerden daha ağrılı olabilir.
Saç ekimi operasyonunun diğer olası etkileri her birey için farklılık gösterir. Şişlik, sivilce oluşumu, şok dökülme gibi durumlar söz konusu olabilmekte ilaç kullanımı ile iyileşme sağlanabilmektedir. Genel olarak operasyon sonrasında oluşabilecek ağrı ve diğer olası etkiler geçicidir, ancak FUT tekniği sonucu oluşan izler kalıcı olabilmektedir.
Her bireyin ağrı eşiği, ağrıyı algısı, metabolizmasının operasyona vereceği tepki ve iyileşme süreleri farklıdır. Saç ekimi sonrasında hissedilebilecek geçici ağrılar ve diğer yan etkiler operasyon sonucunda elde edilecek doğal görünümün birey üzerindeki olumlu psikolojik etkilerine değer niteliktedir.